Pracovníci ústavu se zaměřují na výzkumné otázky z oblasti moderních hospodářských a sociálních dějin (zhruba od poloviny 18. století do současnosti), především v souvislosti s historickým vývojem prostoru českých zemí a širšího středo-východoevropského prostoru v daném období.
V oblasti hospodářských dějin se jedná především o analýzu integračních a dezintegračních tendencí ve střední Evropě ve 20. století, výzkum hospodářsko-politických vztahů, forem hospodářské modernizace a stagnace, otázky hospodářského růstu a krizí, transfer národohospodářských a technických inovací.
V oblasti sociálních dějin jsou badatelská pole vymezena problematikou vzniku a vývoje občanské společnosti ve středovýchodní Evropě, sociálním a sociálně-politickým vývojem českých zemí v 19. a 20. století, problematikou mulitetnicity, nových sociálních hnutí, proměnami hodnot, otázkami společenského konsensu a legitimitou řádu, dějinami každodennosti.
Podrobnější informace o odborném zaměření jednotlivých pracovníků ústavu naleznete v jejich osobních profilech.